Південне міжрайонне управління водного господарства створене у 1995 році відповідно до наказу Державного комітету України по водному господарству (тепер Державне агентство водних ресурсів України) №63 від 11 серпня 1995 року та наказу Рівненського обласного управління водного господарства (тепер  Регіональний офіс водних ресурсів у Рівненській області ) № 150 від 17 серпня 1995 року і є бюджетною неприбутковою організацією, що  належить до сфери управління центрального органу виконавчої влади, який реалізує державну політику у сфері розвитку водного господарства та гідротехнічної меліорації земель, управління, використання та відтворення поверхневих водних ресурсів – Державного агентства водних ресурсів України.

            У 2018 році відповідно до наказу Держводагентства України №28 від 24 січня 2018 року до  управління приєднано реорганізоване Костопільське міжрайонне управління водного господарства. Відтоді в  межах своїх повноважень управління забезпечує вирішення питань щодо експлуатації державних меліоративних систем, управління, використання  та відтворення поверхневих водних ресурсів, гідротехнічної меліорації  на території Березнівського, Гощанського, Корецького, Костопільського та Рівненського районів Рівненської області.

 

            Із 1995 року по травень 2012 року  управління очолював Гуменюк Ярослав Миколайович,

            із травня 2012 року по березень 2017 року             –            Роговський Юрій Сергійович,

            із березня 2017 року                                                   –           Мосійчук Ігор Богданович

           із червня 2019 року                                                   –           Червань Алла Євгенівна